การบริหารงานของสำนักวิชาวิทยาศาสตร์มีคณะกรรมการประจำสำนักวิชาทำหน้าที่กำกับดูแลสำนักวิชา โดยมีคณบดีเป็นผู้รับนโยบายจากอธิการบดีผ่านรองอธิการบดีฝ่ายวิชาการและพัฒนาความเป็นสากล และกำกับดูแลบุคลากรรวมทั้งหน่วยงานภายใต้การดำเนินงานของสำนักวิชา รองคณบดีมีหน้าที่กำกับดูแลงานที่ได้รับมอบหมายจากคณบดี หัวหน้าสถานวิจัยกำกับดูแลการดำเนินงานของสถานวิจัย หัวหน้าสาขาวิชา 7 สาขากำกับดูแลการดำเนินการและคณาจารย์ของสาขาวิชา และหัวหน้าสำนักงานมีหน้าที่กำกับดูแลการบริหารจัดการของเจ้าหน้าที่บริหารงานทั่วไป โดยสำนักวิชาวิทยาศาสตร์มีโครงสร้างการบริหารงาน ดังนี้